Podemos decir que las categorías sirven para hacer una agrupación más amplia de tus entradas. Has de verlas como temas generales o como una tabla de contenidos de tu WordPress. Están ahí para ayudar a identificar la temática de tu blog. Y para para ayudar a los visitantes a encontrar el tipo de contenido que buscan. Y no menos importante, las categorías son jerárquicas, por lo que puedes tener subcategorías.
Por otro lado, las etiquetas tienen el propósito de describir los detalles específicos de tus entradas. Has de verlas como a palabras clave que aparecen en un hipotético índice de tu web. Son la micro-información que se puede utilizar para micro-clasificar tus contenidos. Y a diferencia de las categorías, las etiquetas no son jerárquicas.

